Identifikasi Molekuler Menggunakan Gen 16S-rNA Dan Seleksi Limbah Organik Sebagai Carrier Terhadap Rhizobakteri Indigenous Asal Rhizosfer Padi Sawah

Maimuna Nontji, Amran Muis, Farizah Dhaivina A

Sari


Penelitian terdahulu telah berhasil membuktikan secara in-vitro rhizobakteri indigenous yang diisolasi dari rhizosfer padi sawah, yaitu isolat kode KMV 5 dan GMP 2 berpotensi sebagai agen bioremediasi, biofertilizer dan memiliki aktivitas antimikroba tertinggi. Namun identitas strain isolat tersebut belum diketahui dan carrier yang tepat untuk menunjang pemanfaatannya sebagai agen hayati belum ditemukan.  Penelitian ini bertujuan untuk (1) melakukan identifikasi molekuler terhadap isolat rhizobakteri indigenous KMV5 dan GMP2 untuk mengetahui strain dengan metode sekuensing gen 16S-rNA  melalui tahapan ekstraksi DNA, amplifikasi gen 16S-rRNA dan PCR. (2) melakukan seleksi terhadap limbah organik yaitu air cucian beras, air kelapa dan molase sebagai carrier yang tepat bagi kedua rhizobakteri dengan metode pengamatan nilai absorbansi pada spektrofotometer UV-VIS dengan panjang gelombang 550 nm. Hasil penelitian diperoleh (1) rhizobakteri indigenous isolat KMV5 dan GMP2 teridentifikasi memiliki tingkat homologi 93%-95% dengan Bacillus cereus strain ATCC 14579 (2) media organik terbaik dan tepat sebagai carrier  adalah air cucian beras.

Kata Kunci


Identifikasi molekuler, limbah organik, rhizobakteri

Teks Lengkap:

PDF

Referensi


Budiarti, R. S. 2008. Pengaruh konsentrasi starter Acetobacter xylinum terhadap ketebalan dan rendemen selulosa Nata de Soya. Biospecies 1(1):19-24.

Blackburn, Clive de, McClure, PJ. 2002. Foodborne Pathogens. Hazards, RiskAnalysis and Control. New York:CRC Press.

Clarridge JE. 2004. Impact of 16S rRNA Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria on Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Clin. Microbiol. Rev. 17(4): 840-623

El Aila. 2010. The Development of a 16S rRNA Gene Based PCR for the Identification of Streptococcus pneumoniae and Comparison with Four Other Species Specific PCR Assays. BMC Infectious Diseases. 104(10):1-8

Elkahoui S, Djébali N, Tabbene O, Hadjbrahim A, Mnasri B, Mhamdi R, Limam F.2011. Screening of Bacterial Isolates Collected from Marine Bio-Films for Antifungal Activity against Rhizoctonia solani. Dynamic Biochemistry, Process Biotechnol. Mol. Biol. 5(2): 1-4.

Janda, M dan Abbott, S. 2007. 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Identification in the Diagnostic Laboratory: Pluses, Perils and Pitfalls. Journal of Clinical Microbiology 45 (1): 2761-27.

Khaeruni, A., Asrianti, dan A. Rahman. 2013. Efektivitas limbah cair pertanian sebagai media perbanyakan dan formulasi Bacillus subtilis sebagai agens hayati patogen tanaman. Agroteknos 3(3): 144-151.

Marchesi JR, Sato T, Weightman AJ, Martin TA, Fry JC, Hiom SJ, Wade WG. 1998. Design and evaluation of useful bacterium-specific PCR primers that amplify genes coding for bacterial 16S rRNA. Appl Environ. Microbiol 64:795-9.

Munawaroh, A. Handayani. 2010. Ekstraksi minyak daun jeruk purut (citrus hystrix D.C.) dengan pelarut etanol dan N-heksana. Jurnal Kompetensi Teknik 1(2) : 73-78, 2010

Nontji, M., Baharuddin., Burhanuddin Rasyid., Pirman. 2015. Seleksi Bakteri Methanotrof (pereduksi Emisi Gas Metan di Lahan Sawah) Berdasarkan aktivitas Enzim Metan Momooksigenase, Jurnal Ilmu Lingkungan, Program Pasca Sarjana UNDIP, 13(1) : 86-91.

Nontji, M., Amran ,M., Nurmi,N., Nurjannah,N., Farizah,D.amram. 2019. Evaluating The Potential of indigenous Rhizobacteria as Biofertilizer and biopesticide Agains Rhizoctonia solani, Nusantara Bioscience. 11 (1) : 79-83.

Nurhamida. 2009. Optimasi Produksi Inokulan Pseudomonas sp dan Viabilitasnya dalam bahan Pembawa Gambut. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Bogor

Nurhasanah Y.S, 2011. Air Cucian Beras Dapat Suburkan Tanaman. Institut Pertanian Bogor. www.kabarkampus.com

Putrina, M. dan Fardedi. 2007. Pemanfaatan air kelapa dan air rendaman kedelai sebagai media perbanyakan bakteri Bacillus thuringiensis Barliner. Ilmu- Ilmu Pertanian Indonesia 9(1): 64-70.

Rahayu D A, Nugroho E D. 2015. Biologi Molekuler dalam Perspektif Konservasi. Plataxia, Yogyakarta.

Santos SR, H. Ochman. 2004. Identification and phylogenetic sorting of bacterial lineages with universally conserved genes and protein. Journal Environmental Microbiology. 6 (1): 754759.

Valli V, Gomez Caravaca ́AM, DiNunzio M, Danesi F, Caboni MF, Bordoni A. 2012. Sugar Cane and Sugar Beet Molasses, Antioxidant-rich Alternatives to Refined Sugar. J. Agric. Food Chem. 60: 12508-12515. dx.doi.org/10.1021/jf304416d

Widyawati A. 2008. Bacillus sp. Asal Rhizosfer kedelai yang berpotensi sebagai Pemacu Pertumbuhan Tanaman dan Biokontrol Fungi Patogen Akar. Sekolah Pasca Sarjana IPB. Bogor

Yong, J.W.H., Ge, L., Ng, Y.F. & Tan, S. 2009. The Chemical Composition and Biological Properties of Coconut (Cocos nucifera L.) Water. Molecules. 14 (1): 5144–5164

Yuniarti, R. A. dan Blondine Ch. P. 2007. Pengembangbiakan Bacillus thuringiensis H-14 galur lokal menggunakan media air cucian beras dan patogenisitasnya terhadap jentik Culex quinquefasciatus. Media Litbang Kesehatan 17(4): 14-20.

Yuwana DR.2016.Manfaat air cucian beras untuk menyuburkan tanaman. http://mitalom.com/

manfaat-air-cucian-beras-untuk-menyuburkan tanaman (diakses 07 Februari 2017)


Refbacks

  • Saat ini tidak ada refbacks.


View My Stats